1、dna的缺口平移法
缺口平移是一種快速、簡便、成本相對較低以及生產(chǎn)高比活性均一標(biāo)記dna的方法。該技術(shù)可以制備序列特異的探針。當(dāng)使用重組質(zhì)粒探針時(shí),雖然任何形式的雙鏈dna都可以進(jìn)行缺口平移標(biāo)記。但通常使用限制性核酸內(nèi)切酶將插入片段進(jìn)行酶切和凝膠電泳純化后再進(jìn)行缺口平移標(biāo)記。此外,用這種探針進(jìn)行雜交可產(chǎn)生較低的背景信號(hào)。
2、dna的隨機(jī)引物法
這種方法是使用寡核苷酸引物和大腸桿菌dna聚合酶ⅰ的klenow片段來標(biāo)記dna pian段。這種方法可代替缺口平移產(chǎn)生均一的標(biāo)記探針外,還在許多方面優(yōu)于缺口平移法,比如標(biāo)記核苷酸在dna探針中的摻入率可達(dá)50%以上。由于在反應(yīng)過程中加入的dna pian段不被降解,故在隨機(jī)引物反應(yīng)中加入的dna可少于200 ng,甚至10 ng也能有效地標(biāo)記。dna pian段的大小不影響標(biāo)記的結(jié)果。標(biāo)記物沿所加入的全長dna被均等地?fù)饺搿?biāo)記的探針可以直接使用而不需要去除未摻入的核苷酸;單鏈雙鏈dna都可作為隨機(jī)引物標(biāo)記的模版。隨機(jī)引物可用于較小的dna pian段(100~500 bp),而缺口平移法對大dna pian段(>1000 bp)效果。隨機(jī)引物法的主要缺點(diǎn)是產(chǎn)生的標(biāo)記探針量比缺口平移的要少些,此外環(huán)狀dna不能有效地標(biāo)記,必須先用限制性內(nèi)切核酸酶線形化或用堿法或dna酶ⅰ產(chǎn)生缺口。
3、rna的體外轉(zhuǎn)錄法
體外轉(zhuǎn)錄法標(biāo)記rna探針可用于商品化轉(zhuǎn)錄質(zhì)粒來制備。這些質(zhì)粒中應(yīng)該包括sp6、t3、或t7 rna聚合酶的rna啟動(dòng)位點(diǎn)和,而這些啟動(dòng)位點(diǎn)則與多克隆位點(diǎn)(multiple cloning sites,mcs)相鄰。
4、rna的寡脫氧核苷酸法
克隆質(zhì)粒psp64、pgem-3、pgem-4等含鄰近mcs的sp6rna啟動(dòng)子,可作為從dna寡核苷酸模版產(chǎn)生rna探針的基礎(chǔ)。這兩種標(biāo)記方法產(chǎn)生探針量大,而且產(chǎn)生的探針不受載體序列的影響,所需要的線性化的質(zhì)粒dna大約1 ug,但需要高純度的模板。
5、寡核苷酸的“接尾法”
末端脫氧核苷酸轉(zhuǎn)移酶可將三磷酸脫氧核苷加到dna分子游離的3’-oh末端。這種脫氧核苷酸連接將在探針3’末端形成一個(gè)延伸的“尾巴”。用這種方法可加上許多基因以產(chǎn)生高比活性的探針,適用于基因庫中克隆序列的鑒定,基因組dna樣品的點(diǎn)突變檢測和原位雜交。
6、5’端寡核苷酸的t4多聚核苷酸激酶法
t4多聚核苷酸激酶可將γ-32p-atp的γ-磷轉(zhuǎn)移到游離的5’-oh端上。合成寡脫氧核糖核苷酸時(shí),它們通常未被磷酸化,因而在5’端應(yīng)含有一個(gè)羥基。由于探針分子只摻入了一個(gè)同位素分子,故探針活性與其長度有關(guān)。短寡核苷酸可被高比活性標(biāo)記,而較長的探針活性則隨其長度增加而降低。這種激酶標(biāo)記方法zui常用于dna序列測定。
7、聚合酶鏈反應(yīng)標(biāo)記法
聚合酶鏈反應(yīng)(polymerase chain reaction,pcr)用于標(biāo)記比活性dna pian段,這種技術(shù)具有很高的特異性,可以在1~2 h之內(nèi)大量合成探針dna pian段,標(biāo)記物的摻入率可高達(dá)70%~80%。因此,pcr標(biāo)記技術(shù)特別適用于大規(guī)模檢測和非放射性標(biāo)記。該方法的缺點(diǎn)是需要合成一對特異性pcr引物。使用從探針dna上制備的小片段引物也能取得較好的標(biāo)記效果。
一般來說,核酸探針的檢測方法應(yīng)根據(jù)核酸探針的標(biāo)記物來決定。放射性同位素可通過放射自顯影而使其標(biāo)記的核酸探針得到檢測。下面為非放射性標(biāo)記探針的檢測:①堿性磷酸酶(akp)顯示系統(tǒng)。aso-akp + bcip(ph9.5)→ bcl-oh + pi;bcl-oh + nbt → 紫色。此系統(tǒng)中核酸探針以akp為標(biāo)記物。aso:等位基因特異的寡核苷酸,bcip:5-溴-4氯-3-吲哚磷酸,nbt:四氮唑藍(lán),pi:磷酸。②辣根過氧化物酶(hrp)顯示系統(tǒng)。hrp + h2o2 → [hrp: h2o2 ];oda-nh2 + [hrp: h2o2 ] → oda-n = oda/棕色 + hrp + h2o。此系統(tǒng)的核酸探針以hrp為標(biāo)記物。oda:鄰-聯(lián)茴香胺。③abc顯示系統(tǒng)。dna-b + sa-酶 → dna-b-sa 或dna-b + sa-*化的酶 → dna-b-sa-*化的酶。此系統(tǒng)的核酸探針以*(biotin,b)為標(biāo)記物,然后利用親和素(avidin,a)、*以及酶三者形成的復(fù)合物(complex,c)在該酶的顯色反應(yīng)下以完成對核酸探針的檢測。sa:streptavidin-鏈酶親合素,abc即為avidin-biotin-enzyme complex-親合素-*-酶復(fù)合物。酶可選用akp或hrp,然后以各自的酶顯色系統(tǒng)進(jìn)行顯示。
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